基層醫療健康是個人及家庭在持續醫療流程的第一個接觸點，為市民在居住及工作的社區提供便捷、全面、持續、協調及以家庭為中心的護理。完善及全面的基層醫療系統能在社區層面管理、維持及提升市民健康，組成醫療服務金字塔的基礎及平台，亦為醫院及醫療機構第二層和第三層專科醫療服務把關。在運作良好的醫療體系中，基層醫療健康往往是最關鍵的組成部分。 

香港基層醫療健康服務的發展可以追溯到1990年的《人人健康，展望將來：基層健康服務工作小組報告》文件。工作小組檢討了政府在衞生及基層醫療健康服務的角色及目標，並意識到政府界別在所有門診醫療服務中只佔15%。隨着社會大眾對優質醫療服務的期望日益提升，以及促進基層醫療健康服務的需求不斷增加，「為所有市民提供公共援助」的做法已不再適合。政府不應以成為基層醫療健康服務的唯一或主要提供者為目標。政府的角色應在於透過各部門的協調合作，改善公共衞生及預防護理，確保基層醫療健康服務的質素及水平得以提升，並為無法負擔私人醫療服務的人提供基層醫療健康服務。報告書肯定基層醫療的重要性，並提出102項發展建議，為日後基層醫療政策發展提供指引。 

隨後十年間，政府於1990年成立醫院管理局，並於1993年及1999⁴⁸年開展公眾諮詢，致力引起公眾對公共醫療服務的結構調整和醫療服務融資的關注。隨後，政府於2000年發表《你我齊參與 健康伴我行》諮詢文件，再次顯示基層醫療健康改革的重要性。當中的建議包括加強預防護理、發展中醫服務、將衞生署的普通科門診納入醫院管理局以整合公營醫療界別的基層及第二層醫療服務，以及發展電子健康記錄互通基礎設施。 

2005年，健康與醫療發展諮詢委員會檢討醫療系統的服務提供模式，並發表《創設健康未來》討論文件。當中建議包括推廣家庭醫生概念、公共醫療的目標服務、向私營醫療界別採購基層醫療健康服務，以及促進醫護專業人員之間的合作以達致協調的護理。 

2008年，政府根據這些建議，在《掌握健康 掌握人生》醫療改革諮詢文件中提出全面建議，並發表《醫療改革第一階段公眾諮詢報告》。這些建議包括設立家庭醫生名冊、建立基層醫療健康的基本服務模式、促進公私營協作、資助目標群組獲得預防護理，以及向私營醫療界別採購基層醫療健康服務。良好的基層醫療健康原則獲得公眾及醫療服務持份者的正面反應。若干受訪者表示支持成立一個基層醫療健康管理局，以規劃、協調及管治基層醫療健康服務。2008年，政府重新召集基層醫療工作小組及其轄下的三個專責小組，就基層醫療健康發展的策略方向提供建議。

2010年，政府根據基層醫療工作小組及其轄下專責小組提出的策略及建議，發表《家庭醫生 照顧身心 醫療夥伴 健康同行 — 香港的基層醫療發展策略文件》。這些建議包括設立基層醫療統籌處、制定參考概覽及基層醫療指南，以及試行社區健康中心及網絡，透過社區內的跨界別合作，全面及協調的基層醫療健康服務，建立服務模式。

隨著2017年施政報告宣布成立基層醫療健康發展督導委員會，該委員會於2017年11月成立，為香港基層醫療健康服務可持續發展制定藍圖。  C.8 政府在2017年及2018年施政報告中宣布，致力加強以地區為本的基層醫療健康服務，透過在18區逐步設立地區康健中心，以有效地改變目前醫療服務以治療為重點的情況，從而減輕公立醫院的壓力。在此背景下，基層醫療健康辦事處於2019年3月1日成立，並隸屬於醫務衞生局，在決策局層面監察及督導基層醫療健康服務的發展。基層醫療健康辦事處的工作重點是將地區康健中心發展為新的服務模式，並帶領基層醫療健康服務的整體檢討及未來發展工作。基層醫療健康辦事處成立後，基層醫療統籌處於2019年10月正式併入基層醫療健康辦事處，以更有效地利用醫療資源，簡化兩個辦事處的角色及職責。